To właśnie rozległe płaskowyże Afryki Wschodniej były kolebką gatunku ludzkiego. Dzięki badaniom archeologicznym wiemy obecnie, iż najwcześniejsze ślady pobytu praczłowieka nad Środkowym Nilem sięgają 500.000 lat. – tak bowiem datowane są, pojedyncze zaledwie, znaleziska kamiennych pięściaków aszelskich, charakterystycznych dla grup neandertalczyków. Około 40.000 lat temu, wraz z pojawieniem się homo sapiens , na terenach dzisiejszego Sudanu rozpoczyna się późna faza starszej epoki kamienia. Skrajnie suchy i chłodniejszy od dzisiejszego klimat sprawił, iż osadnictwo ludzkie skupiło się w pobliżu rzek – Błękitnego Nilu i Atbary. Wśród narzędzi kamiennych, głównego wyróżnika kultury materialnej tego okresu, dominować zaczęły mikrolity – niewielkie ostrza krzemienne, zbrojniki geometryczne i skrobacze.
Początki ceramiki
Pomiędzy 10.000 i 8.000 lat p.n.e., tzn. u schyłku ery plejstoceńskiej i we wczesnym holocenie, miała miejsce kolejna fala głębokich zmian klimatycznych, które spowodowały relatywne ocieplenie i zwiększenie poziomu opadów. W rezultacie tego Środkowy Sudan znalazł się wówczas w strefie subsaharyjskiej sawanny, a fauna i flora tego obszaru przypominała występującą dziś na południu Sudanu. Spora część dotychczas nieprzyjaznych terenów stała się ponownie dostępna dla kolonizacji, prowadzonej tak z południa, jaki i z północy, a także z odleglejszych pustynnych oaz. Model ówczesnej gospodarki przyswajalnej oparty był na eksploatacji środowiska w pobliżu rzek i zbiorników wodnych przez niewielkie społeczności mezolityczne, zamieszkujące sezonowe obozy i półstałe osady. Podstawą wyżywienia było myślistwo, rybołówstwo, zbieractwo owoców i dzikich zbóż. Na stanowiskach kultury wczesnochartumskiej, jak Saqqai koło VI katarakty czy Chartum-Szpital, znaleziono fragmentów najstarszych naczyń glinianych, które pojawiły się tam nawet wcześniej, niż w Egipcie. Zastosowany do dekoracji tej ceramiki motyw – ryte liniami faliste, uzupełniane nakłuwanymi punktami – stanie się później charakterystyczny dla całej strefy południowosaharyjskiej od Mauretanii po Kenię.
W tym samym okresie na północy, na terenach Dolnej Nubii pojawiły się grupy ludzkie wysoce wyspecjalizowane w wybranych metodach zdobywania pożywienia. Zamieszkujący rejon 2 katarakty łowcy tzw. kultury arkińskiej polowali głównie na duże ssaki sawanny. Pomiędzy IX i schyłkiem VII tysiąclecia p.n.e. rozwinęła się także kultura Qadan, bazująca na zbieractwie mięczaków i rybołówstwo, a zatem uzależniona od ekosystemu dolin rzecznych, zaś w porze wilgotnej – od okresowo występujących bagien i stawów.
Pierwsi hodowcy
Na przełomie VI i V tysiąclecia p.n.e. następuje drugi etap schyłku pradziejów północnego Sudanu – pogłębia się wówczas dwutorowy rozwój cywilizacyjny tego obszaru. W rejonie Wadi Halfa ludność kultury Abkan zamieszkuje wówczas duże osady, rozlokowane wśród wąwozów i starorzeczy Doliny Nilu. Wprawdzie na abkańskich stanowiskach znaleziono nieliczne kości zwierząt domowych, jednak podstawą bytu były tam nadal tradycyjne myślistwo i zbieractwo.
Natomiast w Sudanie centralnym rozpowszechnia się na znaczną skalę hodowla udomowionych zwierząt (bydło, owca, koza). Tradycję tę wprowadzają niewielkie społeczności, migrujące wzdłuż biegu Nilu z egipskiej Pustyni Zachodniej. Kulturę tę określa się mianem neolitu chartumskiego, a najbardziej charakterystycznym jej elementem jest niewątpliwie doskonałej jakości ceramika, poza tym kościane harpuny, a także pracochłonne w wykonaniu przedmioty z kamienia gładzonego, jak głowice maczug czy palety kosmetyczne.
Wprawdzie na powierzchni naczyń czytelne są odciski ziaren sorgo czy prosa, a na terenie osad notowano liczne znaleziska żaren i rozcieraczy, nie stanowią one jednak żadnego dowodu na intencjonalną uprawę zbóż, jako że równie dobrze mogą jedynie poświadczać wykorzystanie na szeroką skalę dziko rosnących gatunków. W każdym razie, z terytorium Sudanu podstawy neolitycznej gospodarki wytwórczej rozprzestrzenią się wkrótce w głąb kontynentu afrykańskiego.
Poza centralnym Sudanem, w 2 połowie V tysiąclecia neolityczni hodowcy docierają również w okolice na południe od III katarakty. Tamtejsze cmentarzyska robią wrażenie swymi rozmiarami, składają się bowiem z setek przykrytych niewielkimi kopcami grobów. Na nekropoli w Kadruka przynajmniej jeden z pochówków, wyjątkowo duży i bogato wyposażony, położony w centralnej partii terenu, mógł należeć do przywódcy plemiennego.
Neolityczne społeczeństwo
Neolit wprowadził fundamentalne zmiany w ewolucji cywilizacyjnej tego regionu. Prowadzone przez poznańskich archeologów od ponad 30 lat badania położonego około 20 km na północ od Chartumu stanowiska w Kadero, gdzie zlokalizowano osadę i rozległe cmentarzysko kultury neolitu chartumskiego, stwarzają niepowtarzalną możliwość oceny różnych aspektów życia ówczesnej społeczności pasterskiej.
Odsłonięto ponad 200 pochówków, a ich zróżnicowanie pod względem bogactwa wyposażenia pozwala zrekonstruować strukturę społeczną grzebanej ludności. Zdecydowana większość grobów zawierała ubogie wyposażenie lub nie posiadała go wcale. Jednak niewielki procent stanowiły pochówki zamożniejsze, skupione w wydzielonym miejscu cmentarzyska. Zmarłym składano do grobów doskonałej jakości ceramikę (w tym charakterystyczne, dzwonowate puchary, bogato zdobione ornamentami geometrycznymi, zapewne używane w rytuałach pogrzebowych) oraz ozdoby, wykonane z kości słoniowej, zeolitu, ryolitu, karneolu, a także – importowanych z odleglejszych terenów, np. znad Morza Czerwonego – malachitu i muszelek. Oznaką władzy były też zapewne maczugi o kamiennych głowicach. Bogate pochówki dzieci wskazują, iż przynależność do elity społecznej była dziedziczona.
Podobne zróżnicowanie społeczne charakterystyczne jest także dla późnego neolitu i zaobserwować je można choćby na cmentarzysku z 1 połowy IV tysiąclecia p.n.e. w Kadada.