Okres międzywojenny – lider polskiej archeologii
Zanim jednak podjął pracę wykładowcy we Lwowie, zmieniła się sytuacja w rodzinnej Wielkopolsce i w Poznaniu. 11 listopada 1918 roku z inicjatywy profesora Heliodora Święcickiego, prezesa Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, w siedzibie Towarzystwa odbyło się posiedzenie tzw. Komisji Uniwersyteckiej. Sekretarzem owej Komisji został wówczas Józef Kostrzewski, który z racji pełnionej funkcji stał się wkrótce jednym z organizatorów, założonego w 1919 roku, Uniwersytetu Poznańskiego. W kwietniu tegoż roku otrzymał on nominację na profesora zwyczajnego i został pierwszym kierownikiem katedry prehistorii. Od tego momentu rozpoczął się okres burzliwego rozwoju archeologii poznańskiej, którego siłą sprawczą był sam Józef Kostrzewski, określany później mianem twórcy tzw. szkoły poznańskiej w archeologii i współtwórcą teorii autochtonizmu Słowian. Do 1939 roku studia prehistorii ukończyło kilkanaście osób, z których wiele współtworzyło archeologię polską po II Wojnie Światowej. Uniwersytet i praca w Muzeum Mielżyńskich to tylko drobny wycinek działalności Profesora w tym czasie. W 1918 r. Józef Kostrzewski brał udział w polonizacji niemieckiego Muzeum Cesarza Fryderyka i przemianowania go na Muzeum Wielkopolskie. W latach 1923-1924, z jego inicjatywy, udało się połączyć zbiory owego Muzeum z Muzeum im. Mielżyńskich, a sam inicjator został wówczas kierownikiem połączonego i autonomicznego Działu Prehistorycznego Muzeum Wielkopolskiego. W 1919 roku Kostrzewski założył czasopismo „Przegląd Archeologiczny”, które stało się wkrótce jednym z ważniejszych periodyków archeologicznych w Polsce. Rok później utworzył Polskie Towarzystwo Prehistoryczne, a w 1926 roku czasopismo „Z otchłani wieków”. Profesor Kostrzewski brał udział w wielu konferencjach i zjazdach naukowych w całej Europie. Był członkiem Międzynarodowego Instytutu Antropologicznego w Paryżu (od 1922 r.), Fińskiego Towarzystwa Archeologicznego (od 1926 r.) oraz Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie (od 1928 r.). Z zagranicznymi muzeami prowadził wymianę zabytków, aby mieć materiał poglądowy i edukacyjny do nauczania studentów. Wraz ze współpracownikami rozpoczął na niebywałą dotąd skalę badania terenowe, które objęły nie tylko Wielkopolskę, ale także Śląsk, Pomorze itd. Do największych należały wykopaliska na grodziskach wczesnośredniowiecznych w Gnieźnie i Poznaniu, a prawdziwą rewelacją stało się odkrycie Biskupina, gdzie zapoczątkował pionierskie badania o dużym rozmachu na reliktach grodu z czasów kultury łużyckiej. Głośnym wykopaliskom towarzyszyła umiejętna popularyzacja odkryć. Za swoje zasługi otrzymał Józef Kostrzewski liczne odznaczenia polskie i zagraniczne, w tym Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski, krzyż oficerski Legii Honorowej i krzyż komandorski łotewskiego orderu Trzech Gwiazd.
Wojna czyli wieczne tułactwo
W chwili wybuchu wojny Józef Kostrzewski miał 54 lata. Poszukiwany przez Gestapo za przedwojenne polemiki z niemieckimi archeologami, ukrywał się w różnych miejscach Generalnej Guberni pod zmienionym nazwiskiem Edmunda Bogdajewicza. Wspomagany materialnie przez różne osoby, nie rezygnował z pracy naukowej, co więcej, udało mu się napisać w tych trudnych czasach aż 5 książek. W okresie okupacji ucierpiała jednak rodzina Profesora. Wojny nie przeżył jeden z jego synów, Przemysław, a dom w Poznaniu został wyrabowany i zdewastowany. Poważnie zniszczony został też warsztat pracy uczonego.
Okres powojenny – trudna odbudowa
Rok 1945 był dla Józefa Kostrzewskiego czasem powrotu do domu i aktywnego życia. Dowiedziawszy się, że w czasie wojny Niemcy usamodzielnili dawny Dział Prehistoryczny Muzeum Wielkopolskiego, Kostrzewski postarał się z miejsca o jego nowy szyld – „Muzeum Prehistoryczne”, które stało się samodzielną jednostką znaną od 1949 roku pod nazwą Muzeum Archeologiczne. Mimo zaawansowanego już wieku i nienajlepszego stanu zdrowia wyremontował Muzeum i odzyskał jego mienie. Reaktywował także Instytut Prehistoryczny, Polskie Towarzystwo Prehistoryczne, a także powołał na nowo czasopisma „Z otchłani wieków” i „Przegląd Archeologiczny”. Pełnił również rolę konserwatora zabytków na Wielkopolskę, a początkowo także Pomorza i Ziemi Lubuskiej. Wznowił wykopaliska w Biskupinie i rozpoczął na dużą skalę badania powierzchniowe. Okresowe trudności nie przeszkodziły Profesorowi w aktywnym udziale w towarzystwach i międzynarodowych kongresach naukowych. Cały czas był ogromnie czynny w życiu naukowym, wydał kilkaset opracowań naukowych, w tym wiele książek. W 1950 r. powojenne władze wysłały Józefa Kostrzewskiego na uniwersytecką emeryturę, pozwalając mu jednak nadal kierować Muzeum Archeologicznym. Na katedrę prehistorii powrócił po przełomie politycznym w 1956 r. i zawiadywał nią do 1960 roku. Wcześniej, bo w 1958 roku. zrezygnował z kierowania Muzeum. Zmarł w Poznaniu 19 października 1969 roku, w wieku 84 lat.
Zasługi profesora Kostrzewskiego zostały docenione zarówno przez władze polskie, jak i różne zagraniczne towarzystwa i organizacje naukowe. Otrzymał m. in. doktoraty honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego (1947), Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu (1960) oraz odnowił doktorat na Uniwersytecie Humboldta w Berlinie. Był członkiem Jutlandzkiego Towarzystwa Archeologicznego w Danii (1956), członkiem Polskiej Akademii Nauk (1957), członkiem honorowym Instytutu Zachodniego oraz Jugosłowiańskiego Towarzystwa Archeologicznego w Belgradzie (1965). Otrzymał też Krzyż Komandorski Orderu Grzegorza Wielkiego (1964).
