Dział Przedhistoryczny Muzeum Cesarza Fryderyka nie był najstarszą instytucją zajmującą się archeologią w Poznaniu. Poprzedzały go: pruskie urzędy (zajmujące się od 1815 r. ochroną zabytków), Poznańskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk (Muzeum i Komisja Archeologiczna od 1857 r.), Towarzystwo Historyczne Prowincji Poznańskiej (Historische Gesellschaft für die Provinz Posen, od 1885) oraz Muzeum Prowincjonalne (Provinzialmuseum, od 1894 r.).
W założeniach KFM miało być m. in. narzędziem polityki germanizacyjnej. W praktyce było to jednak modyfikowane przez zdrowy rozsądek jego pracowników, czego przykładem mogą być momenty współpracy z Polakami. W 1914 r. to właśnie dyrektor KFM bronił prawa prof. Kostrzewskiego do badań wykopaliskowych.
Sama organizacja Muzeum do dziś może stanowić wzór godny naśladowania. Dział Przedhistoryczny miał bardzo poważny dorobek naukowy – jego kierownik, Erich Blume położył podwaliny pod systematykę chronologii pradziejów w Wielkopolsce. Imponujący jest też dorobek muzealny, czyli kolekcja zabytków archeologicznych.
Muzeum Cesarza Fryderyka jako instytucja niemiecka przetrwało do końca 1918 r., po czym w 1919 zmieniło się w polskie Muzeum Wielkopolskie. Większość Niemców opuściła Poznań i powróciła do Niemiec. Dorobek Działu Przedhistorycznego Muzeum Cesarza Fryderyka pozostał jednak trwałym dziedzictwem naszego regionu, niezależnie od narodowości jego mieszkańców.