Tymczasem jednak jest początek lat 60-tych. W druku ukazują się pierwsze publikacje naukowe młodego magistra Krzyżaniaka, poświęcone głównie pradziejowym stanowiskom archeologicznym Wielkopolski. Jednocześnie jednak krystalizuje się wówczas drugi nurt Jego zainteresowań, których owocem stało się kilka artykułów dotyczących problematyki nader odległej: pradawnym kulturom Ameryki Środkowej i Południowej. Jak twierdził później sam Profesor, wszystko zacząć się miało od recenzji rosyjskiej pracy „Isskustwo driewniej Ameriki” R.W. Kindżałowa. Fascynacja tak odległym terenem i mało wówczas popularną w Polsce tematyką z początku zawiodła Lecha Krzyżaniaka na… prywatne lekcje języka hiszpańskiego, a nieco później – przed oblicze nestora i twórcy polskiej szkoły archeologii śródziemnomorskiej, profesora Kazimierza Michałowskiego, który poważnie brał pod uwagę możliwość wystąpienia o zezwolenie na rozpoczęcie badań w Meksyku. Ponieważ jednak ówczesna sytuacja polityczna nie sprzyjała szybkiemu uruchomieniu projektu, profesor Michałowski postanowił tymczasem sprawdzić umiejętności poznańskiego naukowca nad Nilem. I tak oto, w zupełnie przypadkowy sposób, w końcu 1965 Lech Krzyżaniak pojawił się w Aleksandrii na Kom el-Dikka, rozpoczynając tym samym swą największą naukową – i osobistą zarazem – przygodę życia, ów „przewrotny romans z Afryką”, jak ją później będzie nazywać.
W owym czasie archeologia klasyczna, wykorzystująca bardziej warsztat badawczy historii sztuki, dopiero zaczynała doceniać walory rozwiniętej przez prehistoryków metodyki eksploracyjnej. Natomiast debiutant wykazał się sporym doświadczeniem w prowadzeniu prac terenowych, toteż Michałowski postanowił dołączyć Go do zespołu działającego w Sudanie. Lech Krzyżaniak wziął udział w pierwszych, dziś już legendarnych kampaniach wykopaliskowych w Dongoli (sezony 1966/1967, 1970 i 1971). Przed paru latu, pracując w Stacji Archeologii Śródziemnomorskiej w Kairze, miałem sposobność porządkować archiwalne zdjęcia ze wspaniałych lat 60-tych – złotej epoki polskich badań nad Nilem. Natrafiłem wówczas również na stare, pożółkłe fotografie, wykonane przez członków owej pionierskiej ekspedycji dongolańskiej: poszarpane, wypłowiałe od słońca wojskowe namioty rozbite w szczerym polu (a właściwie – w pustyni), skromna wigilia pod imitującym choinkę akacjowym drzewkiem, archeolodzy na osiołkach, uwiecznieni w trakcie codziennej, kilkukilometrowej podróży na stanowisko i z powrotem… I nasuwa się nieodparte wrażenie, że oto miałem przed sobą klucz do zrozumienia tego, co w pełni zawładnęło duszą młodego poznańskiego archeologa, i co zwiąże Go silną i nierozerwalną nicią z Sudanem na resztę życia: urok i egzotyka tego fascynującego kraju, a przy tym niezwykła atmosfera wykopalisk, nie odbiegająca od tej z epoki Petriego czy Cartera, wreszcie nieograniczone możliwości badawcze, rysujące się w tak mało dotąd poznanym, peryferyjnym regionie świata starożytnego. W ponad 30 lat później, w roku 2002, Lech Krzyżaniak wraz z drugim „weteranem Sudanu”, Stefanem Jakobielskim, stanie w Chartumie przed reprezentantem sudańskiego rządu, aby odebrać z jego rąk najwyższe odznaczenie przyznawane obcokrajowcom – Gwiazdę Dwóch Nilów II klasy. Czyż może zdziwić, iż ten właśnie egzotyczny order Profesor cenił najbardziej spośród wszystkich, jakimi w przeszłości Go odznaczono…
U progu lat 70-tych pradzieje północno-wschodniej Afryki coraz częściej zaczynały pojawiać się w sferze zainteresowań polskich archeologów, głównie jednak poprzez pryzmat najstarszych kultur paleolitycznych. Natomiast Lech Krzyżaniak dostrzegł dla siebie szansę na efektywną działalność naukową, podejmując się badań nad cywilizacją Doliny Nilu w neolicie – epoce ze wszech miar kluczowej dla zrozumienia genezy uformowania się państwa pierwszych faraonów. Idea ta zyskała życzliwe poparcie ze strony profesora Michałowskiego i dzięki temu problematyka schyłku prehistorii Egiptu i Sudanu włączona została wkrótce jako jeden z priorytetów do programu badawczego Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej – instytucji powołanej w celu koordynacji polskich prac badawczych na Bliskim Wschodzie i w basenie Morza Śródziemnego.