Początki działu Wydawnictw sięgają czasów powojennych, kiedy to w ówczesnym Muzeum Prehistorycznym, którego dyrektorem został Józef Kostrzewski, okresowo wydawano czasopisma „Z otchłani wieków” i „Przegląd Archeologiczny”. W 1950 roku, w Muzeum przemianowanym na Archeologiczne, po odebraniu „Przeglądu Archeologicznego” utworzono czasopismo „Fontes Praehistorici”, które w następnych latach nazwano „Fontes Archaeologici Posnanienses”. Pierwszym redaktorem naczelnym był Józef Kostrzewski, po nim każdorazowo kolejni dyrektorzy Muzeum Archeologicznego, obecnie Marzena Szmyt. Poza „FAP” wydawane są także i inne pozycje zarówno o charakterze naukowym jak i popularno-naukowym. Przygotowywane są one w ramach kilku serii: „Bibliotheca Fontes Archaeologici Posnanienses”, „Poznańskie Zeszyty Archeologiczno-Konserwatorskie”, „Studies in African Archaeology” oraz „Biblioteka Popularnonaukowa Muzeum Archaeologicznego w Poznaniu”.