W latach 1999-2007 Muzeum uczestniczyło w pięciu projektach europejskich, realizowanych w ramach programów INCO-COPERNICUS i CULTURE 2000 (Prinke 2007, 2009). Poniżej przedstawiono ich krótką charakterystykę:

1. ArchTerra. Rozszerzenie europejskiej sieci internetowej, poświęconej archeologii, na teren Bułgarii, Rumunii i Polski. Badania i rozwój technologii, 1999-2000 ( INCO-COPERNICUS)

2. ARENA. Europejska dokumentacja archeologiczna: dostęp poprzez Internet, 2001-2004 (CULTURE 2000)

 3. AREA. Archiwa Archeologii Europejskiej. Sieć badawcza, poświęcona historii archeologii ze szczególnym uwzględnieniem archiwów tej dyscypliny, ich promocji i konserwacji – etap III, 2001-2004 (CULTURE 2000), etap IV, 2005-2008 (CULTURE 2000)

4.   Krajobrazy Europy. Przeszłość, teraźniejszość i przyszłość, 2004-2007 (CULTURE 2000)