Archiwum Naukowe Muzeum Archeologicznego w Poznaniu należy do archiwów muzealnych przechowujących najstarszą dokumentację dotyczącą odkryć archeologicznych na ziemiach polskich. Jej systematyczne gromadzenie zapoczątkowano już w drugiej połowie XIX wieku w ramach utworzonego wówczas Towarzystwa Przyjaciół Nauk Poznańskiego i powstałego przy nim Muzeum Starożytności Polskich i Słowiańskich. Archiwum jako jednostka wyodrębniona, posiadająca na etacie opiekuna archiwaliów, funkcjonuje od 1955 roku. W 1959 roku weszło ono w skład Działu Dokumentacyjnego, które sześć lat później przemianowane zostało na Dział Inwentaryzacyjny. Pomieszczenie archiwum znajdowało się początkowo w gmachu Muzeum przy ul. Mielżyńskiego a następnie w nowej jego siedzibie w Pałacu Górków, w którym mieści się do dziś. W latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych dokonano podstawowej inwentaryzacji zbiorów. Archiwalia pogrupowano na teczki miejscowości, przyporządkowując je w układzie terytorialnym ówczesnym powiatom.

Wraz z reformą administracyjną w 1975 roku zbiory dostosowano do obowiązującego od tego czasu podziału województwo-gmina. W 1983 roku Archiwum Naukowe, wraz z częściową restrukturyzacją wewnętrzną muzeum i wyodrębnieniem się samodzielnego stanowiska Głównego Inwentaryzatora, podporządkowane zostało Działowi Dokumentacji i Informacji Naukowej. Pod koniec lat osiemdziesiątych przystąpiono do inwentaryzacji ważnego zbioru archiwaliów dotyczącego dziejów archeologii poznańskiej i Muzeum Archeologicznego. U progu XXI wieku podjęto prace zmierzające do unowocześnienia Archiwum Naukowego. Było to spowodowane dostosowaniem się metod archiwizacji w naszej instytucji (wraz z rozwojem technologii cyfrowej) do standardów archiwów europejskich. W związku z tym w Archiwum MAP utworzono Archiwum Zasobów Cyfrowych, mające docelowo zgromadzić, zabezpieczyć a także udostępniać na nośnikach CD i DVD zasób archiwalny Muzeum.